Se caracteriza por una planicie que incluye un sistema de lagunas interconéctadas por caños.
Es el complejo lagunar más grande de Colombia y uno de los más estratégicos para la vida en el planeta. El área del Santuario está conformada por las acumulaciones progresivas de sedimentos provenientes del río Magdalena, por bosques de manglar, ciénagas, ríos, caños y áreas pantanosas, haciendo parte de un complejo de aguas de más de cien ciénagas que presentan diferentes niveles de sedimentación y salinidad.
Con una extensión de 450 kilómetros cuadrados de aguas salobres relativamente tranquilas, con una profundidad promedio de metro y medio. Igualmente forman parte del Santuario otras ciénagas más o menos extensas, como las de Alfandoque, La Piedra, Tamacá, La Tigrera, Mendegua y La Aguja.
Situado en el departamento del Magdalena, en jurisdicción de los municipios de Pivijay y Remolino, en el extremo sur de la Ciénaga Grande de Santa Marta.
Su extensión es de 23.000 hectáreas.
Cálido y seco, con una temperatura promedio de 29 ºC.
FloraEn los bosques de manglar predominan los mangles colorado, salado o negro y amarillo o bobo. Se han identificado 276 especies vegetales terrestres, 300 morfotipos de algas fitoplanctónicas.
En el santuario se han identificado 144 especies de peces, 102 morfoespecies de moluscos, 140 marinas dulceacuícolas y estuarinas, 98 macroinvertebrados, 19 de mamíferos, 190 de aves.
• Las especies dulceacuícolas más sobresalientes son la tilapia roja y el "barbul de arroyo".
• Las especies nuevas identificadas en el medio fueron el "bacalao" y la sierra, de origen marino, posiblemente debido a las salinidades medias relativamente altas durante el año 2001.
• Entre las especies amenazadas se encuentran: la guasa lagunar, sapo lagunero, róbalo blanco, róbalo carita larga, pargo dientón, pargo cubera, sábalo, tarpón, lebranche, mero guasa, bagre, chivo cabezón, chivo mozo, pez sierra, pejesierra y pez peine, pejepeine la mayoría son dulceacuícolas y estuarinas.
• Mamíferos: El manatí, el mono cotudo, el mono cariblanco, el oso perezoso, la nutria y el tigrillo.
• Reptiles: Entre los reptiles se destacan el caimán aguja, babilla, iguana, tortugas de agua dulce "Icotea" y marinas, lobos polleros, cascabeles, boas, mapaná rabo seco.
• Aves: Se han identificado 199 especies entre acuáticas, marinas y terrestres observándose dos grupos de aves, las residentes y las migratorias.
• Aves residentes: Entre las que se destacan: el pato cucharo, el pato real y el pato cuervo.
Igualmente se han identificado patos migratorios como: el pato barraquete, como también, 4 especies amenazadas chavarria, el pato negro, el colibrí ciénaguero y el chamón caribeño.
• Aves Migratorias: Las aves migratorias que normalmente visitan la reserva, desde septiembre hasta finales de abril y en algunos años hasta comienzo de mayo, se encuentran los patos barraquetes, águila pescadora y halcón Peregrino.
Actividades Turísticas: Al momento las únicas actividades permitidas, son la recuperación natural participativa, la conservación y la investigación.
Tribu Tayrona: En el área del parque se encuentran ruinas arqueológicas que denotan la existencia de asentamientos humanos de la tribu Tayrona que ocuparon la región desde épocas precolombinas hasta bien entrada la colonización (quizás siglos XV y XVI).
Playa del Muerto, desde 2010 se denomina con el nombre de "Playa Cristal".1. Lleva ropa adecuada: usar ropa de manga larga te evitará la picadura de mosquitos e insectos. También es importante usar pantalones especiales que se secan rápidamente para las expediciones a la selva.
2. Ten analgésicos y antihistamínicos a la mano
3. Evita la deshidratación
4. No olvides la cortesía: Si tu programa incluye la visita de asentamientos indígenas, es importante respetar sus tradiciones
5. No te salgas de la ruta
6. Protege tus dispositivos electrónicos: La humedad de la selva puede afectar seriamente los dispositivos electrónicos, por lo que es conveniente almacenarlos en bolsas selladas
7. Mochila en lugar de maleta de viajes
Los aborígenes que fueron los primeros habitantes combinaban la agricultura con la recolección de crustáceos, especializándose más que todo en esta última actividad. De acuerdo a las investigaciones se evidencia que la trayectoria de población fue de occidente a oriente, es decir, desde la ribera del río Magdalena hacia el piedemonte de la SNSM. Según los vestigios arqueológicos encontrados, los aborígenes que habitaron esta zona fueron los Caribes que por las piezas encontradas, hachas y puntas líticas, se presume tuvieron alguna actividad de tipo agrícola.
Se cuenta que las primeras manifestaciones de ocupación humana, los concheros, datan del año 362 de nuestra era en la Isla de Salamanca, sitio Los Jagüeyes, ubicados en un gigantescos concheros de 12 Km de longitud que iba desde Barra Vieja hasta Santa Rosa . También se identificaron otros asentamientos humanos como: Palmira (año 527) y Tasajera (año 977) y en la Ciénaga Grande: Mina de Oro (año 487) y Loma de López (año 1032) y en el complejo de Pajaral: Cecilio (año 1017).
En la actualidad dentro del área protegida no hay asentamientos humanos. Existen poblaciones palafíticas en la zona de influencia del Santuario: Bocas de Aracataca (Pueblo Viejo), Buenavista y Nueva Venecia
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